Små, gule proteinkrystaller, baby!

Dette innlegget er opprinnelig publisert på Realfagsbloggen.

Kjære lesere. I dag var sannhetens øyeblikk. De siste ukene har jeg startet på labkurs nummer to, der vi jobber med et gult bakterieprotein som heter NrdI. Vi har brukt flere dager på å produsere det og rense det. Tilbragt en hel ettermiddag i et kjølerom og sentrifugert. Igjen og igjen. Vi har dryppet ørsmå dråper på glassplater til vi ble så lei at vi ikke kunne gjøre annet enn å le.

Alt dette har vi gjort for å kunne gro krystaller av proteinet. Hvordan det gikk, skal jeg snart fortelle dere. Men først vil jeg skrive litt om hvordan det gikk med realfagene på videregående.

På videregående var språkfagene mine beste fag. Jeg jobbet tusen ganger mer for femmeren i kjemi enn for sekseren i spansk. Faktisk likte jeg språk så godt at jeg brukte en sommerferie på å lære fransk på egenhånd. Noen i klassen hatet alle fag som ikke var realfag. Jeg fikk inntrykk av at de skjønte alle matteoppgavene med én gang, mens jeg måtte spørre om hjelp igjen og igjen.

Flere ganger tok jeg meg selv i å tenke: Kan jeg egentlig studere realfag? Burde jeg ikke velge noe jeg har skikkelig talent for? Eller kanskje jeg burde velge noe sykt stilig. Noe som får folk til å nikke anerkjennende på fest. «Åh, studerer du det, så spennende». Filmproduksjon eller arkitektur eller noe sånt. Helst i utlandet.

Likevel endte jeg opp med kjemistudier på trauste og trygge Blindern. Jeg fryktet jeg ville være dårligst i klassen. Omgitt av landets fremste kjemigenier, som kanskje hadde tapetsert rommene sine med periodesystemet for alt jeg vet.

Heldigvis gikk det helt fint. Noen ganger spurte jeg om hjelp, andre ganger var det jeg som visste svaret. Og noen år senere sitter jeg, masterstudent i biokjemi, foran et mikroskop en mandags morgen.

Sannhetens øyeblikk er kommet. Krystallene har fått gro i en uke. Vi retter mikroskopet mot dråpen (DRAMATIKKEN, kjenner dere den?). Fokuserer linsen.

TROMMEVIRVEL.

…YESSSSSS! Små, gule proteinkrystaller, baby! Visstnok ikke helt så store som de skal være. Jeg synes de er fine uansett. De ser ut som små gullbarrer.

Vi lagde noen andre krystaller også, for å øve oss. Da brukte vi proteinet lysozym, som er lett å krystallisere. Sjekk alle de kule krystallene vi fant:

Min favoritt. Denne ville jeg beskrive som «litt fluffy klump av pinner», men det er visst mer korrekt å kalle den en rosett med nåler.

Videre har vi en ansamling diverse sammenvokst stæsj. Er ikke lett å beskrive krystaller på en måte som egner seg til labrapporten. Må jobbe litt med det.

Hva kan man så bruke krystaller til? Jo, de peneste av dem tar men med seg på ferie til Frankrike. Nærmere bestemt til synkrotronen i Grenoble (http://www.esrf.eu/). Der sender man kraftige røntgenstråler på krystallene. Ved å måle bølgene kan man lage et kart over elektronene i proteinet.

Dessverre fikk vi ikke stikke til Frankrike. Vi ble bare servert ferdige data som noen andre hadde skaffet. Deretter var det bare å sette i gang med tre dager datalab for å lage en modell av hvordan proteinet ser ut. Labveilederne foret oss med smågodt for å holde oss motiverte, så kan ikke klage.

Etter å ha latt maskinen regne, og regne, og regne litt til, begynner vi å finjustere modellen. Drar molekyler inn i elektronskyer og sørger for at ting er der de skal.

(Det gule er deler av en aminosyre, det blå og grønne er områder med elektroner).

Til slutt ender vi opp med en modell av proteinet. Her er min:

Jepp. Katharina har jobbet i tre dager med å lage et tøysete og ganske grelt bilde av noen spiraler og piler.

Tro det eller ei, det finnes mye nyttig informasjon i dette bildet! Hvis man vet hvordan et protein ser ut, kan man for eksempel bruke det til å lage tilpassede medisiner. Spiralene og pilene er bare én måte å vise det på. Man kan også se på overflaten. Dette gjorde vi da vi så på strukturen til et annet protein, fra influensavirus:

Det gule molekylet er influensamedisinen Tamiflu. Vi kunne faktisk se at proteinet har en grop der medisinen kan feste seg. Ganske stilig.

Jeg lar denne grønne klumpen runde av ukas innlegg.

Advertisements
Små, gule proteinkrystaller, baby!

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out /  Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out /  Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out /  Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out /  Change )

Connecting to %s